A diferença entre farmácia e drogaria está principalmente nos serviços oferecidos e no tipo de atividade permitida:

Farmácia é um estabelecimento mais completo. Além de vender medicamentos, ela pode manipular fórmulas personalizadas (medicamentos feitos sob medida para o paciente) e, em alguns casos, oferecer serviços como aplicação de injeções, testes rápidos e acompanhamento farmacêutico.

Já a drogaria é focada na comercialização de produtos prontos. Ela vende medicamentos industrializados, além de itens como cosméticos, higiene pessoal e alguns produtos de saúde, mas não realiza manipulação de fórmulas.